Фамилия Сельнихин — редкая и прозрачная по составу, но с неочевидной основой. Её сразу хочется связать со словом «сельник» — человеком, живущим в селе, крестьянином. Однако притяжательный суффикс -ин указывает на то, что в основе лежит не столько профессия, сколько прозвище или мирское имя. В русской ономастике фамилии на -ихин (Сельнихин, Грязнихин, Сухихин) — это вариант патронимической модели, характерной для северных и сибирских говоров. Суффикс -их- здесь восходит к форме родительного падежа множественного числа: «из рода Сельних» — то есть из семьи, где главу звали Сельня или Сельний.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Сельня. В диалектах русского языка «сельня» могло означать не только «житель села», но и «нерасторопный, простоватый человек» или, наоборот, «домосед». В некоторых говорах так называли человека, который постоянно «сел» на одном месте, не склонного к переездам. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с уменьшительной формой имени Сельвестр (разговорное Сельня), хотя такое имя было редкостью в крестьянской среде.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю — регионам, где фамилии на -их/-ых особенно распространены. В метрических книгах XIX века Сельнихины встречаются среди государственных крестьян, реже — среди мещан. Социальный контекст ясен: предки были сельскими жителями, и фамилия закрепилась за ними как указание на место жительства или характерный образ жизни.

В написании фамилии возможна путаница: в старых документах встречается вариант «Сельнехин» (через «е»), что связано с аканьем или особенностями местного произношения. Но современный вариант через «и» — единственно верный, соответствующий правилам русской орфографии. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Сельнихин стоит в одном ряду с Сельниковым и Сельниным, но отличается именно суффиксом -ихин, который выдаёт северное или уральское происхождение рода.