Фамилия Семанишина — редкий пример, в котором сталкиваются сразу несколько словообразовательных моделей, что делает её разбор не таким очевидным, как у фамилий на -ов или -ин. С точки зрения современного носителя, основа «Семаниш» выглядит как что-то среднее между именем и прозвищем, но на самом деле перед нами типичная «матронимическая» конструкция, осложнённая суффиксом.

Корень фамилии — каноническое мужское имя Семён (в просторечии Сема). Однако суффикс -иш- в русских фамилиях почти всегда указывает на принадлежность к женщине: «Семанишин» буквально означает «чей?» — сын Семаниши, то есть женщины по имени Семаниша. Такая форма имени — Семаниша — могла быть ласкательным или уменьшительным вариантом от Семён, но адресованным не мужчине, а его жене или дочери. В говорах нередко называли женщину по мужу: «Семаниха» (жена Семёна), а от «Семаниха» через суффин -иш- легко получалось «Семаниша» — уже как самостоятельное личное имя или прозвище.

Суффикс -ин в окончании (Семанишин → Семанишина) — стандартный показатель принадлежности: «чей?» — Семанишин сын, дочь Семанишина. Таким образом, фамилия в мужском роде звучала бы как Семанишин, а женская форма Семанишина закрепилась в документах, скорее всего, как фамилия вдовы или дочери, записанная в церковной книге по матери.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где матронимические фамилии (по матери) встречались чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания Семанишен, Семанишев, но Семанишина — самая архаичная форма, сохранившая прямой родительный падеж без дополнительного суффикса -ов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Семин, Семёнов, Семакин, — то Семанишина стоит особняком: она не от имени отца, а от «женской версии» имени, что указывает на нестандартную семейную ситуацию в прошлом (возможно, внебрачное рождение или запись по матери после смерти отца). Никаких документальных подтверждений этому нет, но лингвистическая модель говорит именно о таком происхождении.