Фамилия Сенкибаев — яркий пример фамилий, образованных от составных тюркских имен. Её основа — мужское личное имя Сенкибай, которое в свою очередь распадается на две части: «сенки» и «бай». Вторая часть — «бай» — широко распространённый компонент в тюркской ономастике, означающий «богач», «господин», «хозяин». В прошлом это был не столько социальный статус, сколько пожелание благополучия и знатности, которое родители вкладывали в имя сына.

Первая часть — «сенки» — более редкая и спорная. Скорее всего, она восходит к тюркскому «сенгир» (или «сенкир») — «мыс», «выступ горы», «крутой берег». В таком случае имя Сенкибай можно истолковать как «владелец мыса» или «подобный утёсу» — образное пожелание твёрдости, несокрушимости и устойчивости. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «сенке» — так в некоторых тюркских языках называли колючку или мелкую траву, что дало бы прозвищное имя с оттенком «цепкий» или «живучий».

Фамилия образована по стандартной для казахской и киргизской антропонимии модели: к основе имени Сенкибай добавляется русский патронимический суффикс -ев. Это типичный случай русификации фамилий в XIX–XX веках, когда имена кочевых народов оформляли по образцу русских фамилий на -ов/-ев. Таким образом, Сенкибаев буквально означает «потомок Сенкибая».

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и к Киргизии. Встречается она редко, что говорит о возможном происхождении от одного родового корня или от локального, не слишком распространённого имени. В отличие от фамилий на -баев, которые в тюркском мире массовы (Аманбаев, Жолдыбаев), вариант Сенкибаев выделяется нестандартной первой частью, что делает его ценным маркером для генеалогического поиска: предки носителя, скорее всего, жили в горной или предгорной местности, где слово «сенгир» было в ходу.