Фамилия Сеньккова — довольно редкий случай, когда ошибка в написании закрепилась в официальном документе. Верная, историческая форма — Сенькова, с одной буквой «к». Двойное «кк» — результат описки или невнимательности писаря, который по аналогии с фамилиями вроде Ковалёв — Коваллёв удвоил согласную. Такие «сдвоенные» варианты встречаются в метрических книгах XIX века, но почти всегда это случайность, а не сознательное изменение.

Основа фамилии — крестильное имя Сенька, уменьшительная форма от Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). Суффикс -ов указывает на принадлежность: Сенькков буквально значит «сын Сеньки». Модель образования типична для русских фамилий: отчество, застывшее в форме притяжательного прилагательного. То есть предок носителя фамилии был Сенькой — скорее всего, крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали не полным именем, а домашним.

Географически фамилия Сенькова (и её искажённый вариант Сеньккова) распространена в центральных и северных областях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской губерниях. Там имя Семён было особенно популярно, а местные говоры допускали формы вроде «Сенька» с твёрдым «н». Встречается и на Украине, но реже — там чаще использовали форму Семенко.

В ономастических справочниках, например у Б. Унбегауна, фамилии на -ов от уменьшительных имён описываются как массовое явление XVII–XVIII веков. Сеньккова — не исключение, а частный случай с орфографическим курьёзом. Если вы встретили этот вариант в архивах, стоит проверить, не опечатка ли это: в дореволюционных записях букву «к» могли случайно написать дважды, и ошибка перешла в паспорт.