Фамилия Сеньковская — это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, характерной для польской, украинской и белорусской шляхты, а затем и для русских дворянских родов. Суффикс -ск- указывает на связь с местностью: такую фамилию получал либо владелец поместья, либо выходец из населённого пункта с названием Сеньково, Сеньков или Сеньковичи. Таких сёл и деревень немало на территории современной Беларуси, Украины и западной России — например, Сеньково в Витебской области или Сеньков в Хмельницкой области. Основа фамилии — уменьшительная форма канонического имени Симеон (в русской традиции — Семён). В народной речи имя Симеон сокращалось до Сенька, Сеня, а в украинском и белорусском вариантах — до Сенько. Так что Сеньковский — это буквально «тот, кто из Сенькова» или «принадлежащий к роду Сенька».

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую выдвигал, в частности, Борис Унбегаун в «Русских фамилиях». Он допускал, что в некоторых случаях фамилии на -ский могли образовываться напрямую от прозвища, минуя топоним. Прозвище Сенька могло принадлежать человеку с каким-то характерным признаком (например, неуклюжий, простоватый — по сходству со старорусским словом «сенькать», то есть «зевать» или «ротозейничать»). Но для фамилии Сеньковская эта версия слабее: суффикс -ск- в русской и польской традиции почти всегда привязывает носителя к земле, к поместью или к месту рождения.

В социальном плане фамилия Сеньковская в XIX веке чаще всего встречалась среди мелкопоместного дворянства и духовенства. Священники нередко брали фамилии по названию села, где служили, — так сын дьячка из Сенькова мог стать Сеньковским. Встречается она и у крестьян, но реже: в крестьянской среде до отмены крепостного права фамилии на -ский были нетипичны, их присваивали преимущественно после реформ, и то не массово.

Одна любопытная деталь: в польском языке фамилия могла писаться как Sienkowska (от Sienko — вариант имени Симеон). Но в русской передаче закрепилось именно Сеньковская, с мягким знаком. Такое написание — маркер того, что фамилия прошла через восточнославянскую адаптацию, где «сь» передаёт мягкость, а не шипящий звук, как в польском. Если бы фамилия осталась в польском варианте, мы бы писали её как Сенковская (сравните с польским писателем Юзефом Сенковским, который в России звался Осипом Сенковским).