Фамилия Сенютина ведет начало от имени Сенюта — уменьшительной формы одного из крестильных имен на Сем-: Семён, Симеон (древнееврейское «услышанный Богом»). В русской ономастике модель с суффиксом -ют-/-ут- встречается реже, чем привычные -к- или -ш-: она характерна для западнорусских и, отчасти, украинских говоров (сравните: Сенюта, Гаврюта, Мишута). В древнерусском языке суффикс -ут- мог придавать имени ласкательный или фамильярный оттенок, но в данном случае это скорее способ сократить длинное каноническое имя до двух-трех слогов.

Принадлежность к роду подчеркивает суффикс -ин: Сенютина — «дочь/жена Сенюты». Такая модель образования фамилий — одна из древнейших в русской традиции, она закрепилась в XV–XVII веках. В отличие от «великокняжеских» фамилий на -ов/-ев, которые часто давались по отцу, -ин указывал на прямую связь с конкретным человеком, носившим прозвище или имя Сенюта.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: в писцовых книгах Новгородской земли XVI века встречаются упоминания крестьян Сенют, Сенютиных. Позже носители фамилии расселились по Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям. В XIX веке Сенютины — преимущественно государственные крестьяне и мещане, реже — купцы. Интересно, что в некоторых переписях фамилию записывали как Сенютин (мужской вариант), а женская форма Сенютина стала общеупотребительной именно в качестве родового обозначения — в документах она фиксируется уже в XVIII веке.

Споров о происхождении основы почти нет. Версия о связи с диалектным словом «сенюта» (нечто связанное с сеном) маловероятна: в русских говорах такого слова не зафиксировано, а все известные примеры Сенют в актах указывают на личное имя. Поэтому однозначно: фамилия Сенютина — от христианского имени Симеон через его народную форму Сенюта, с типичным для северных территорий суффиксом принадлежности.