Фамилия Серко чаще всего происходит от прозвища Серый, которое давали человеку за цвет волос, одежды или, реже, за невыразительный, «серый» характер. Прозвище закрепилось в наследственном имени, и со временем форма Серко стала его устойчивым вариантом. В документах XV–XVI веков это хорошо прослеживается: С. Веселовский упоминает крестьянина Серко с Белоозера (начало XV века), Якова Васильевича Серко Мошнина из Дмитрова (1510 год) и Ивана Андреевича Серкова, помещика-суздальца (1492 год, Новгород).

Есть и вторая версия, связанная с украинским миром. Серко может быть русской передачей украинской фамилии Сирко, а та образована от слова «сир» — сыр. В этом случае предок носителя фамилии мог быть сыроваром, и фамилия прямо указывала на род его занятий. Версия правдоподобна: прозвища по ремеслу давали повсеместно, а форма Серко легко объясняется аканьем или адаптацией на русской почве.

Существует и третья гипотеза, но она слабая. По ней Серко — краткая форма имен Серафим или Серапион. Серафим с древнееврейского переводится как «огненный ангел», а Серапион — «храм Сераписа». Первые — шестикрылые существа из небесного войска Бога, второе имя отсылает к египетскому божеству жизни, смерти и исцеления. Однако уменьшительная форма Серка от этих имен не зафиксирована в источниках, и для фамилии такая модель образования нехарактерна, поэтому к этой версии стоит относиться с осторожностью.

В итоге наиболее вероятным выглядит путь через прозвище Серый: оно было широко распространено и легко становилось основой для фамилии. А вариант с сыроваром — хорошая альтернатива для тех, чьи предки жили на украинских землях.