Фамилия Шабатукова — женская форма от Шабатуков, и её разговор лучше начинать с мужского варианта. Основа здесь — личное имя или прозвище Шабатук. Строение фамилии прозрачное: корень «шабат-» плюс типичный для адыгских (черкесских) фамилий суффикс «-ук» (или «-уко»), который в русской передаче превратился в «-уков». Этот суффикс в адыгской ономастике часто указывает на принадлежность к роду или происхождение от человека с таким именем.

Корень «шабат-» скорее всего восходит к арабскому или тюркскому слову «шабат» (суббота) или к имени Шабат, которое могло даваться ребёнку, родившемуся в субботу. В адыгской среде распространены имена и прозвища, заимствованные из исламской традиции, и «Шабат» — одно из них. Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «шабат» в значении «крепкий, твёрдый», тогда прозвище могло характеризовать характер человека.

Географически фамилия Шабатуковы привязана к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это типичная кабардинская или черкесская фамилия, распространённая среди адыгских народов. В русских документах она закрепилась в форме на «-ов», как и многие северокавказские фамилии, хотя в оригинале может звучать как Шабатук или Шабатуко.

Сословная принадлежность носителей фамилии не фиксировалась массово: Шабатуковы могли быть как узденями (свободными крестьянами-воинами), так и княжескими подданными. В адыгском обществе фамилия редко указывала на высшую знать, но и не была однозначно крестьянской. Если искать однокоренные фамилии, то это Шабатовы, Шабаевы — у них общий корень «шаба-», но разные суффиксы, что говорит о разных путях образования. Таким образом, Шабатукова — фамилия с чёткой региональной и этнической привязкой, образованная от имени-прозвища по адыгской модели.