Фамилия Шанихина — женская форма фамилии Шанихин, которая в русской традиции образования фамилий встречается реже, чем массовые модели на -ов/-ев и -ин. Её основа и суффикс указывают на происхождение в северных и центральных регионах России, где была распространена модель фамилий на -ихин/-ыхин. Суффикс -ихин в данном случае — вариант суффикса -ин, присоединённый к основе, оканчивающейся на -иха. То есть фамилия Шанихин буквально означает «сын (или потомок) Шанихи».

Ключевой вопрос — что скрывается за прозвищем или именем Шаниха. Самая вероятная версия: основа восходит к нецерковному имени или прозвищу Шаня. В русских говорах «шаня» могло означать «щеголь», «франт» или, наоборот, «ротозей», «разиня» — слово с оценочным значением, которое легко становилось уличным прозвищем. Женская форма Шаниха образовалась по типичной народной модели: если мужчину звали Шаня, то его жену в деревне называли Шанихой (ср. Кузьма — Кузьмиха, Фома — Фомиха). Дети в таком случае получали фамилию Шанихины — то есть «те, кто из семьи Шанихи».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «шаних» — так в некоторых областях называли мелкого торговца или скупщика. Однако эта гипотеза слабее: слово плохо зафиксировано в словарях, а модель образования от мужского прозвища на -иха гораздо типичнее для русской ономастики. В любом случае, фамилия Шанихина не имеет отношения к дворянским или книжным фамилиям — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища передавались по материнской линии через «уличную» фамилию.

Географически фамилия Шанихин (и Шанихина) тяготеет к северо-востоку европейской России: встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Вятской губерний. Это подтверждает версию о происхождении в среде севернорусского крестьянства, где фамилии на -ихин/-ыхин были особенно распространены. Сегодня фамилия редкая, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска — носители почти наверняка происходят из одного или нескольких близких родов.