Фамилия Шелапутин принадлежит к группе русских фамилий, образованных от прозвища, и её разбор стоит начать с неочевидного корня. Основа здесь — «шелапут» или «шелапута». В народной речи так называли нерадивого, бестолкового человека, разину, рохлю. Слово это диалектное, живое, с явной пренебрежительной окраской: «шел» да «пут» — буквально «шляющийся без толку», «путаный ходок». В словаре Владимира Даля «шелапут» зафиксирован как «шаль, шалопут, повеса». То есть прозвище давали человеку не злому, но легкомысленному, неосновательному.

Модель образования фамилии проста и типична для центральной России: к основе «Шелапут» добавили суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин, в отличие от -ов, использовался в основном для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я (Шелапута → Шелапутин). Формально фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын Шелапуты. Это указывает на то, что прозвище было личным, а не родовым, и закрепилось за потомками конкретного человека.

Географически фамилия Шелапутин тяготеет к владимирским и ярославским землям, где диалектное слово «шелапут» бытовало особенно широко. Встречаются и однокоренные варианты: Шелапута, Шелапутов, Шелапугин. Последний мог возникнуть из-за чередования согласных «т/г» в говорах — явление нередкое для русской ономастики. Родство этих фамилий подтверждается и тем, что все они восходят к одному прозвищному гнезду.

С социальной точки зрения фамилия Шелапутин — крестьянская или мещанская. Прозвище не несло почётного смысла, а значит, его носитель вряд ли принадлежал к высшим сословиям. В дореволюционных метрических книгах Шелапутины чаще всего записаны как государственные крестьяне или посадские люди. Фамилия не получила широкой известности в дворянских родословных, но сохранилась в народной среде, что делает её характерным образцом «говорящей» русской фамилии, прямо указывающей на характер предка.