Фамилия Шелешинин — одна из тех, где корень на первый взгляд неочевиден, а суффикс указывает на конкретную модель образования. Это отчество второго порядка: суффикс -ин принадлежит исходному отчеству (Шелеша → Шелешин), а второй суффикс -ин- в современном написании слился с первым, но по сути это притяжательное прилагательное от имени Шелеша. Проще говоря, Шелешинин — это «чей?» — сын Шелеши, то есть внук или потомок человека по прозвищу Шелеша.

Само прозвище Шелеша — тёмное и редкое. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «шелешить» — шуршать, шевелиться, производить лёгкий шум. В говорах так могли назвать суетливого, непоседливого человека, который всё время возится, семенит или издаёт шорох. Менее убедительна связь с «шелест» — та же семантика, но слово «шелест» общеупотребительное, а «шелеша» — именно разговорная, прозвищная форма. Встречается и версия, что Шелеша — это вариант имени Шелех (от Шелехов), но это маловероятно: суффикс -ш- в русских прозвищах скорее уменьшительно-пренебрежительный, чем имяобразующий.

С точки зрения географии, фамилия Шелешинин — редкая. Она не входит в сотни самых распространённых русских фамилий и не имеет ярко выраженного гнезда в одном регионе. По данным современных телефонных справочников и баз, единичные носители встречаются в Центральной России и Поволжье, но статистика слишком мала, чтобы делать выводы о родине фамилии. Это скорее «кабинетная» фамилия, возникшая в среде крестьян или посадских людей: отчество от прозвища фиксировали в переписных книгах, и оно не успело распространиться широко.

Словообразовательная модель Шелешинин — пример того, как русская фамилия может «складываться» из двух суффиксов, но писаться как одно целое. Сравните с фамилиями Мишин → Мишинин, Фомин → Фоминин. В быту такие формы часто упрощались до односуффиксных (Шелешин), но в документах могла закрепиться полная. Поэтому не исключено, что часть носителей фамилии Шелешинин — это потомки тех, кого когда-то записали как Шелешиных, а потом по ошибке или по традиции «нарастили» второй суффикс. Однако для этимологии это не принципиально: корень остаётся тем же — прозвище Шелеша, человек шумный или суетливый.