Фамилия Шепетун — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по характерной манере речи, закрепилось в роду и дошло до наших дней. В её основе лежит глагол «шептать» или существительное «шёпот». Носитель такого прозвища, скорее всего, говорил тихо, негромко, возможно, шепелявил или имел привычку постоянно шептаться. В говорах слово «шептун» могло означать не только тихоню, но и знахаря, заговаривающего болезни шёпотом, — народного целителя, который «шептал» от сглаза или хвори.

Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ун в русских фамилиях часто указывает на деятеля, носителя признака (ср. Болтун, Молчун, Говорун). Шепетун — это тот, кто «шепчет». Форма на -ун характерна для прозвищ, которые затем превращались в фамилии без дополнительных суффиксов, как это произошло и здесь. Фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ов или -ин, что указывает на её происхождение из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто переходили в фамилии напрямую.

Интересна фонетическая деталь: в фамилии пишется «Шепетун», а не «Шептун». Это может быть следствием акающего произношения в южнорусских говорах, где безударный «о» звучит как «а», но на письме закрепилась форма с «е». Либо же это результат влияния диалектного слова «шепетать» — говорить шёпотом или невнятно. Таким образом, написание фиксирует старую произносительную норму.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Она встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в центральных чернозёмных областях. На Украине фамилия Шепетун (а также Шептун) распространена в Полтавской, Черкасской и Киевской губерниях. Это подтверждает связь с диалектной средой, где слово «шептун» было в ходу в обоих значениях — и как характеристика тихого человека, и как название знахаря.

В ономастике фамилия Шепетун не относится к числу особенно частых, но и не является уникальной. Она входит в ряд однокоренных: Шептунов, Шептухин, Шепталов, Шепель. Родственную модель мы видим и в фамилии Шептун, которая, по сути, является тем же прозвищем, но в более краткой, «стяжённой» форме. Разница в написании — результат местных говоров или случайной фиксации в документах.