Фамилия Шепетунко звучит необычно и сразу привлекает внимание своей структурой. Это редкий случай, когда фамилия образована не от распространённого прозвища или имени, а от глагольной основы с характерным украинским суффиксом. Чтобы понять её происхождение, достаточно посмотреть на окончание: «-унко» — типичный для украинских фамилий патронимический суффикс, который указывает на потомка человека с определённым прозвищем. Он родственен русскому «-онок» (как в фамилии Ребятёнок) и белорусскому «-ёнка», но в украинской ономастике встречается реже, чем, скажем, «-енко». То есть Шепетунко — это «сын Шепетуна» или «маленький Шепетун».

Корень фамилии — «шепет-». В русских и украинских говорах слово «шепет», «шепоть» означало «щепотка», «мелочь», «крошка». Отсюда же происходит глагол «шептать» (в значении «шептаться» или, в диалектах, «крошить»). Однако более вероятно, что прозвище Шепетун дали человеку за манеру речи — шептуну, тому, кто говорит тихо, невнятно или любит пошептаться. В пользу этой версии говорит продуктивная модель: в украинском языке суффикс «-ун» активно образовывал прозвища по действию (бігун, крикун, мовчун). Шепетун — тот, кто шепчет.

Встречается и другая, менее распространённая гипотеза: связь с диалектным «шепет» в значении «щепетильный», «чистоплотный», «аккуратный». В некоторых южнорусских говорах «шепетной» означало «нарядный», «щегольской». Тогда Шепетун — человек, который следит за внешностью или отличается дотошностью. Эта версия правдоподобна, но уступает «шептуну» по частоте словообразовательных моделей в украинской антропонимии.

Географически фамилия Шепетунко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. Это регионы, где суффикс «-унко» встречается чаще, чем на западе. В России фамилия редка и, скорее всего, принадлежит потомкам переселенцев с Украины в XVIII–XIX веках. Интересно, что у фамилии есть близкие «родственники» — Шепетун, Шептун, Шепетовский, Шепетюк. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, что показывает, как в одной местности прозвище могло закрепиться в разных формах.

Сословного барьера у фамилии не было: Шепетунко встречается и среди казаков, и среди крестьян, и среди мещан. В ревизских сказках XIX века её носители записаны в основном как государственные крестьяне и казаки Черниговской и Полтавской губерний. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это народная, «низовая» фамилия, что только подчёркивает её живое, прозвищное происхождение.