Фамилия Шепетя — одна из тех, что ставит перед исследователем вопрос сразу: откуда такое окончание? Модель на -я в русских фамилиях встречается редко, чаще она указывает на украинское или белорусское происхождение. В украинском языке суффикс -я нередко образует прозвища от глагольных основ или названий действий, придавая им оттенок деятеля или носителя признака. Так что Шепетя — это, скорее всего, украинская фамилия, а не русская.

Основа «шепет-» почти наверняка связана с глаголом «шептать». В украинском языке «шептати» — то же самое, что и в русском, но слово «шепет» или «шепіт» означает именно шёпот. Человек по прозвищу Шепетя — это «шептун», «тот, кто говорит тихо». Вряд ли это было имя в крещении — скорее, уличное прозвище, которое дали либо за манеру речи, либо за скрытность, либо за привычку шептаться по углам. В славянской традиции такие прозвища часто переходили в фамилии, когда сына начинали звать «Шепетин» или просто «Шепетя».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «шепет» в значении «щепотка» или «мелочь». В некоторых говорах так могли называть мелкого, щуплого человека или того, кто занимается мелкими делами. Но эта гипотеза слабее: глагольная основа «шептать» встречается в ономастике гораздо чаще, и для неё есть прямые аналоги — фамилии Шептун, Шептухов, Шепетовский.

Географически фамилия Шепетя наиболее характерна для западных и центральных областей Украины — Волыни, Подолья, Полтавщины. В России она редка и встречается в основном среди потомков переселенцев с Украины. Встречаются варианты написания: Шепетя, Шепотя — но это уже искажения при переписях.

Социальный контекст прост: носитель фамилии, скорее всего, происходил из крестьян или казаков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, да и суффикс -я не характерен для фамилий знати, которые чаще оформлялись на -ов или -ский. Так что Шепетя — это фамилия-прозвище, которая живёт уже несколько столетий и напоминает о том, что когда-то предка называли Шептуном.