Фамилия Шимакина — женская форма фамилии Шимакин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шимака, а образована она по самой распространённой в русской ономастике модели: с помощью суффикса -ин, означающего принадлежность («чей?» — Шимакин, то есть сын Шимаки).

Что означало имя Шимака? Здесь есть две версии, и обе ведут к одному корню — к глаголу «шимать». В северных и сибирских говорах «шимать» означало «хватать, брать, таскать», особенно тайком. Соответственно, Шимакой могли прозвать вора, любителя чужого добра, или, в более безобидном смысле, человека с цепкой хваткой — отсюда пошла фамилия Шимакин. Вторая версия связывает прозвище с диалектным «шимак» — так в некоторых областях называли нищего, попрошайку, который «шимает» подаяние. Оба значения укладываются в типичную модель русских прозвищ, которые давали по поведению или роду занятий.

Суффикс -к- в основе (Шимак-а) — уменьшительно-пренебрежительный, характерный для неофициальных имён в XV–XVII веках. Это указывает на то, что прозвище бытовало в крестьянской или посадской среде, где такие имена были обычны. Фамилия Шимакина не относится к дворянским — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан центральных и северных губерний России.

В написании возможна путаница с фамилией Шемякина (от имени Шемяка, которое связывают с татарским «чемяк» — «украшение» или с русским «шимяк» — «шея»). Но Шимакина — это самостоятельное гнездо, и её корень чисто славянский, диалектный. Географически фамилия чаще встречается в Кировской, Нижегородской и Вологодской областях, что подтверждает её севернорусское происхождение: именно там говор «шимать» был в ходу.