Фамилия Шимакова — женская форма от Шимаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шимак. Это довольно распространённая модель для русских фамилий: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шимаков — это «сын Шимака».

Корень здесь — «Шим-». Самая вероятная версия: Шимак — это производная форма от крестильного имени Шимон. Так на Руси адаптировали древнееврейское имя Шимон (Симеон, «услышанный Богом»). В народной речи имя нередко сокращали и переделывали: Симон, Сима, а от Симы — уменьшительное Симка. Поскольку для русского уха сочетание «сим» и «шим» звучало похоже, а в некоторых говорах «с» и «ш» смешивались, Симка легко превращался в Шимку. Отсюда и Шимак.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с польским или белорусским влиянием. В этих языках «шым» могло быть вариантом имени Шимон, а фамилии на -ак (Шимак) встречаются чаще, чем в великорусских землях. Это не противоречит русской модели, а скорее уточняет ареал: носители фамилии Шимаковы исторически концентрировались не только в центральной России, но и в западных областях, а также среди потомков переселенцев из Речи Посполитой.

Обратите внимание на суффикс -ак. В русской ономастике он не так част, как -ов или -ин, и обычно указывает на человека, характеризующегося по какому-то признаку или происходящего из определённой местности. В паре с именем Шим он мог означать «человек, связанный с Шимом» — сын, слуга или просто носитель прозвища. Таким образом, фамилия Шимакова недвусмысленно указывает на предка по мужской линии, которого в быту звали Шимак, а корни этого прозвища уходят в церковное имя Симеон, адаптированное к живой речи.