Фамилия Шимаков — пример того, как простое прозвище, данное по характеру или поведению, закрепилось в родовом имени. Словообразовательная модель типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Шимака). Основа кроется в диалектном глаголе «шимать» — хватать, брать, тащить, а в переносном смысле — брать без спроса, присваивать. Соответственно, Шимаком в старину называли хваткого, ловкого человека, который не упускал своей выгоды, или просто воришку. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шимак» именно в значении «вор, плут». Однако не стоит торопиться с однозначно негативной трактовкой: в крестьянской среде прозвища нередко давались «от противного» или с долей иронии, и Шимаком могли прозвать шустрого мальчишку, любителя прихватить угощение со стола.

Географически фамилия тяготеет к Вятке, Пермскому краю и Архангельской области — регионам, где говор сохранил архаичные глаголы. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне с именем Шимак, и это указывает на то, что прозвище бытовало как нецерковное имя. Интересно, что фамилия Шимаков могла возникнуть и от тюркского имени Шимак (встречается у татар и башкир), но для русских носителей более вероятна именно славянская основа: суффикс -ак в прозвищах (Мошак, Гуляка, Шимак) типичен для русского языка и обозначает лицо по действию.

Редкий вариант фамилии — Шимаков с ударением на второй слог (Шимáков) — встречается у потомков священнослужителей, где фамилию могли дать по названию села Шимаки или Шимаково. Такие топонимические фамилии на -ов часто переделывались в семинарской среде, но в народе оставались с привычным ударением на последний слог. Таким образом, предки Шимаковых — это, скорее всего, не знатные люди, а вольные крестьяне или посадские, получившие фамилию по бытовому прозвищу, которое со временем потеряло свой первоначальный оттенок и стало просто фамильным знаком.