Фамилия Шипшев — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все другие версии. В основе фамилии лежит не имя и не ремесло, а название реки Шипшевка, притока Кубани. Река протекает в Карачаево-Черкесии и Адыгее, а её название, скорее всего, восходит к адыгскому (черкесскому) языку, где «шипше» может означать «сладкая вода» или «молочная река» (от «шэ» — молоко и «псэ» — вода). Таким образом, первый носитель фамилии Шипшев — это человек, который жил на берегу этой реки или переселился оттуда, получив прозвище по месту жительства.

Модель образования фамилии типична для русской ойконимической традиции: основа (гидроним Шипшевка) плюс суффикс принадлежности -ев. Суффикс указывает на то, что предок был «с Шипшевки» или «Шипшев сын». Обратите внимание: фамилия не содержит типичного кавказского суффикса (вроде -ов в осетинских или -оглы в тюркских фамилиях), а оформлена по русской модели, что говорит о длительном взаимодействии носителей с русской административной и письменной культурой. Вероятнее всего, фамилия закрепилась за казачьими или крестьянскими родами, которые селились в предгорьях Кавказа в XIX — начале XX века.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским словом «шип» (шип, колючка) или с древнетюркским личным именем Шипши. Однако в этом случае мы бы ожидали формы Шипов или Шипшин, а не Шипшев. Сложный корень «шипш» нехарактерен для славянских прозвищ, поэтому версия с рекой остаётся основной. Встречается фамилия главным образом в Краснодарском крае, Адыгее и Карачаево-Черкесии — именно в тех местах, где протекает река Шипшевка и где исторически жили адыгские и русские общины.