Фамилия Ширшлин принадлежит к типу, который лингвисты называют «матронимическим» — то есть образованным от женского, а не мужского имени. Это её главная особенность. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ширшлин — это «чей?» — сын Ширшли. А имя Ширшля — это уменьшительно-ласкательная форма женского имени Шира.

Само имя Шира — редкое, но не загадочное. Скорее всего, это сокращённый, обиходный вариант одного из полных крестильных имён, например, Ширин или Широния. В русской ономастике известно, что женские имена нередко становились основой для фамилий в тех семьях, где мать играла ключевую роль — например, если она была вдовой или её род был более влиятельным, чем род отца. Реже за основу брали прозвище Ширшля, но и в этом случае оно, вероятно, восходит к тому же корню.

География фамилии подсказывает её возможные корни. Ширшлины встречаются в старых документах по Рязанской и Тамбовской губерниям — областям, где были распространены диалектные формы имён с суффиксом -ш- (как в именах Паша, Глаша, Наташа). Имя Шира могло быть местным вариантом канонического имени Ираида или даже просторечного Шура (от Александра). Таким образом, предок носителя фамилии мог зваться Ширшей — и это была женщина, чьё имя закрепилось за целым родом.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Ширшлин стоит в одном ряду с такими известными матронимами, как Марьин, Катин, Аннушкин. Однако, в отличие от них, её основа куда менее прозрачна, что делает фамилию ценной для историка: она сохранила в себе народную, нецерковную форму женского имени, которая почти вышла из употребления.