Вероятно, в основе фамилии Ширшон лежит имя Ширше, восходящее к литовскому širšė – «шершень» (крупное перепончатокрылое жалящее насекомое семейства ос). Согласно другой гипотезе, фамилия Ширшон образована от прозвища Ширша. Оно ведет свое начало от нарицательного «ширша» - так в северных русских говорах называли широкого, широкоплечего человека. Соответственно, прозвище Ширша отражало особенности внешности основателя фамилии. Веселовского упоминаются родственные именования: Иван Иванович Ширш Бунков (1545 год, Новгород), Иван Ширша, крестьянин (1611 год, Суздаль), а также Леонид Ширшов, старец Кириллова монастыря (1605 год).