Фамилия Шлепугин — один из тех случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на прозвище, а не на профессию или имя. Основа здесь — «шлеп-», от глагола «шлёпать». В русских говорах «шлёпа» или «шлёпа» могли называть человека неуклюжего, медлительного, того, кто ходит вразвалку, «шлёпает» по грязи. Реже так могли прозвать болтуна или пустомелю (от «шлёпать языком»). Суффикс -угин встречается нечасто и придаёт фамилии оттенок пренебрежительности или уменьшительности, характерный для северных и центральных русских говоров. Модель образования проста: прозвище Шлепуга (или Шлёпуга) плюс фамильный суффикс -ин, означающий «сын Шлепуги» или «из семьи Шлепуги».

Если обратиться к словарю Б. Унбегауна, суффикс -уга/-юга в русских прозвищах часто обозначал лицо с ярко выраженным признаком (ср. Ворюга, Злюка). Шлепуга — человек, чья походка или манера речи бросалась в глаза. Географически фамилия Шлепугин тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, что подтверждает её севернорусское происхождение: именно в этих краях бытовали прозвища на -уга.

Встречается и менее вероятная версия: связь с диалектным словом «шлеп» — род капкана или ловушки. В этом случае Шлепугин мог быть потомком охотника или зверолова, делавшего такие ловушки. Однако звучание и словообразовательная логика делают версию с прозвищем по походке основной.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская — дворянских родов Шлепугиных в родословных книгах не зафиксировано. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно государственными крестьянами и мещанами северных губерний.