Фамилия Шлепугина — женская форма фамилии Шлепугин, которая образована по самой распространённой в русском ономастиконе модели: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шлепугин, то есть сын или потомок Шлепуги. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще крепились к основам на согласный или -а/-я, -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я, а также на мягкий согласный. Шлепуга — именно такое прозвище.

Корень «шлеп-» в русских говорах имеет несколько значений, и все они связаны с бытовой, непарадной стороной жизни. Глагол «шлёпать» означает бить плашмя, хлопать, а также идти вразвалку или по грязи. Прозвище Шлепуга могли дать неуклюжему, медлительному человеку, который ходит, шлёпая ногами, или тому, кто часто пачкается. В некоторых диалектах «шлёпа» — это и название мокрой, раскисшей дороги, и болотистой местности. В таком случае прозвище могло быть топонимическим: человека, жившего у болота или на размокшей улице, прозвали по месту обитания.

Встречается и другая, более редкая версия, связанная с ремеслом. В южнорусских говорах «шлёпать» означало валять валенки, сбивать шерсть в войлок. Шлепугой могли назвать валяльщика — мастера по изготовлению валенок. Эта версия правдоподобна, но менее вероятна: обычно прозвища по ремеслу образуются от названия орудия труда или готового изделия (Кожемяка, Скорняк), а не от самого действия. Однако полностью исключать её нельзя, особенно если фамилия бытует в регионах, где валяльный промысел был развит.

Фамилия Шлепугина — нечастая. Её география тяготеет к северным и центральным областям России, где сохранились архаичные говоры с глаголом «шлёпать» в значении «идти вразвалку» или «месить грязь». Встречается она в Вологодской, Костромской, Кировской областях, реже на Урале. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, что типично для прозвищной фамилии, не связанной с дворянским сословием.

Если сравнивать Шлепугина с однокоренными фамилиями — Шлёпин, Шлёпкин, Шлепаков, — то форма на -уга выделяется. Суффикс -уг-/-юг- придаёт прозвищу оттенок грубоватости, неодобрения: Шлепуга — это не просто «шлёпающий», а «тот, кто постоянно шлёпает», с оттенком пренебрежения. Такие прозвища давали не в ласке, а в насмешку или для точной характеристики. Со временем оно утратило негативный оттенок и закрепилось как фамилия.