Фамилия Штанчаева — женская форма, а её мужской вариант — Штанчаев. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Штанч-», которая звучит не по-русски. Это явный признак тюркского корня, скорее всего, из языков кавказского региона, например, кумыкского, ногайского или карачаево-балкарского.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское прозвище или имя. Можно предположить связь с тюркским словом «штан» — в ряде диалектов так называют штаны, одежду. Но более правдоподобна версия, что «Штанч» — это искажённая или адаптированная форма личного имени, например, производного от «Штан» или «Штанча». В тюркской ономастике распространены имена, образованные от названий предметов, животных или качеств, но точное значение здесь восстановить сложно без региональной привязки.

Суффикс «-ев» указывает на патронимическое (по отцу) происхождение: Штанчаев — «сын Штанча». Формант типичен для русских фамилий, но сама основа осталась нерусской, что характерно для фамилий народов Северного Кавказа и Поволжья, которые оформлялись по русскому образцу в XIX–XX веках. Географически фамилия Штанчаева встречается преимущественно в Ставропольском крае и республиках Северного Кавказа — Дагестане, Чечне, Карачаево-Черкесии. Это подтверждает её тюркские или кавказские корни.

Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были не дворянами, а крестьянами, казаками или горцами. Исходное прозвище могло относиться к особенностям внешности, поведения или ремеслу — например, к портному или торговцу одеждой. Документальных подтверждений известных носителей фамилии в общероссийских источниках нет, что делает её редкой и локальной.