Фамилия Сидняева образована от мужского имени или прозвища Сидень. В основе лежит глагол «сидеть» — так могли назвать домоседа, человека, который предпочитал сидячую работу, или, напротив, того, кто подолгу сидел в засаде, в карауле. В русских говорах «сидень» — это также человек, который долго сидит на одном месте, не любит перемен, а в некоторых регионах — ленивый, неповоротливый. Прозвище могло закрепиться и за ремесленником, работающим сидя: сапожником, корзинщиком, ткачом.

Фамилия относится к продуктивной модели на -ев/-ов, типичной для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный. Форма Сидняев, а не Сиднев, указывает на то, что исходное прозвище звучало как Сидень, а не Сидень. Суффикс -яев здесь — результат фонетического изменения: в разговорной речи «Сиднев» могло перейти в «Сидняев» под влиянием аканья или диалектного произношения, где «е» после мягкого согласного переходит в «я». Встречается и вариант Сидняков — от той же основы, но с другим суффиксом.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, носители Сидняевых чаще всего фиксируются в Поволжье и на юге России — в Саратовской, Волгоградской, Ростовской областях. Это косвенно подтверждает бытовое, а не книжное происхождение: фамилия закрепилась в крестьянской среде, где прозвища передавались по наследству без церковного влияния.

В ономастических словарях фамилия не имеет отдельной статьи, но её однокоренные аналоги — Сиднев, Сидняков — упоминаются в работах Б. Унбегауна и В. Никонова как типичные для русских «сидячих» прозвищ. Спорных версий у Сидняевой немного: иногда её ошибочно связывают с тюркским корнем «сид» (число, счет), но это маловероятно, потому что суффикс -ев однозначно указывает на русскую словообразовательную модель, а не на заимствование.