Фамилия Симанина в своей основе почти наверняка восходит к народной форме крестильного имени Симон — Симаня. Имя Симон пришло из древнееврейского языка и означает «внимающий», а на русской почве оно дало множество уменьшительных и обиходных вариантов, одним из которых и стало Симаня. От этого имени и образована фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Симанина буквально означает «дочь или жена Симани», а сам род пошёл от человека, которого в округе звали Симаней.

Скорее всего, основатель рода Симаниных был человеком из простого сословия. Такие фамилии на -ин чаще всего закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, тогда как дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов или -ский. Имя Симон было широко распространено именно в народной среде, что подтверждает эту версию.

Покровителями имени считаются сразу два известных святых: апостол Симон, сын Ионы, которого Христос назвал Петром, и Симон Зилот, он же Симон Кананит. Поэтому имя было почётным и часто встречалось в святцах, а значит, и в быту — отсюда и множество производных форм вроде Симаня, Симка, Сима.

Существует и другая, менее правдоподобная версия, согласно которой фамилия Симанина имеет еврейское происхождение. Сторонники этой гипотезы возводят прозвище Симаня к ивритскому слову «симан» — «знак, признак». Якобы так могли прозвать человека, выделявшегося какими-то особыми приметами или способностями. Однако эта версия выглядит натянутой: суффикс -ин и форма Симаня органично вписываются в русскую словообразовательную модель от имени Симон, в то время как для еврейских фамилий такая модель нехарактерна. Скорее всего, версия с крестильным именем верна, а совпадение с ивритским корнем — просто случайность.

Таким образом, потомок человека по имени Симаня со временем получил фамилию Симанина, и сегодня она сохраняет память о предке, носившем одно из древнейших христианских имён.