Фамилия Сипатенкова ведет начало от мужской формы Сипатенков, а та, в свою очередь, от прозвища или нецерковного имени Сипата. Слово «сипатый» в русских говорах имело два основных значения: «сиплый, хриплый» (человек с осипшим голосом) или «вялый, медлительный». В словаре Владимира Даля «сипа» — это еще и «сипящий звук», а в некоторых диалектах так называли человека с гнусавой речью. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за особенности голоса или манеру говорить.

Словообразовательная модель здесь типична для южнорусских и украинских земель. Суффикс -енк- указывает на патроним: Сипатенков — это «сын Сипаты», а окончание -а (Сипатенкова) — женская форма, закрепившаяся в документах. Такие фамилии на -енков чаще всего встречаются на территории бывшей Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская, Белгородская области), где смешались русские и украинские ономастические традиции.

Интересно, что фамилия Сипатенков не входит в списки распространенных дворянских или купеческих родов, что говорит о ее крестьянском или казачьем происхождении. Предки носителя фамилии, вероятно, были вольными или служилыми людьми южных окраин России, где фамилии с суффиксом -енков фиксировались в переписных книгах XVII–XVIII веков. В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые преобладают в центральной России, модель на -енков указывает на более позднюю фиксацию и региональную привязку к черноземным областям.

Другие возможные версии — связь с диалектным словом «сипать» (сыпать, бросать) или с украинским «сипак» (вид плетеной корзины), но они менее убедительны: прозвище Сипата в старых документах чаще всего фиксируется именно в значении «сиплый». Сегодня фамилия Сипатенкова встречается нечасто, в основном в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях, что подтверждает ее южное происхождение.