Фамилия Сипина предположительно образована от прозвища Сипа, которое восходит к глаголу «сипеть» и, очевидно, указывает на сиплый голос предка. Также возможно, что Сипой прозвали человека с больным горлом. Так, из письменных источников известен Сипяга Бодеин (начало XV века) из Торжка. Согласно другой версии, фамилия Сипина представляет собой застывшую форму аналогичного имени. Имя Сипина — приамурский (ульчский) вариант имени Семён, которое в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом в молитве». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сипа или именем Сипина, со временем получил фамилию Сипина.