Фамилия Сипукин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от распространённых фамилий на -ов и -ин, образованных от крестильных имён, эта явно восходит к прозвищу. Основа «сипук» в русских говорах имела несколько значений, и чтобы определить самое вероятное, нужно смотреть на географию.

Наиболее убедительная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «сипать» — брызгать, расплёскивать, сочиться. В псковских и тверских говорах «сипу́кой» называли неплотно закрытую посуду или протекающую крышу. Прозвище Сипук мог получить либо неряшливый, неаккуратный человек, который вечно что-то проливает, либо, наоборот, бондарь или мастер по изготовлению бочек, если его изделия «сипели» — пропускали жидкость. Формант -ин указывает на принадлежность: «сын Сипука».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — от звукоподражательного «сип» или «сиплый». Сипуком в некоторых регионах могли назвать человека с хриплым, сиплым голосом. Однако в этом случае логичнее ожидать фамилию Сипкин или Сипунов, а Сипукин тяготеет именно к «сипать». Связь с названием птицы сипуха (отряд совообразных) маловероятна: в народной речи эту птицу чаще называли «сипуха» или «сиплуха», а не «сипук», и фамилия от такого названия звучала бы как Сипухин.

Фамилия встречается крайне редко и имеет ярко выраженную региональную привязку к северо-западу России — Новгородской, Псковской и Тверской областям. Именно там фиксируются ранние упоминания прозвища Сипук в писцовых книгах XVI–XVII веков. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или ремесленной среды, а не из служилого сословия: прозвище было бытовым, неблагозвучным для дворянского герба. Дворянских родов Сипукиных в истории не зафиксировано.

В написании фамилии возможна путаница с однокоренной, но совершенно иной по смыслу фамилией Сипягин (от «сипяга» — неряха, оборванец). Сипукин стоит особняком: это не про внешний вид, а про свойство — текучесть, неплотность, либо про ремесло, связанное с ёмкостями.