Фамилия Сиванаева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с цветом. Первое, что бросается в глаза, — корень «сив-». В древнерусском языке «сивый» означало «седой», «светло-серый», «белесый». Так говорили о волосах, масти животных (сивый конь) или даже о тусклом, блеклом цвете чего-либо. Человек с заметной сединой, с седой бородой или с очень светлыми волосами мог получить прозвище Сиванай. Суффикс «-анай» в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для тюркских языков и может означать уменьшительность или принадлежность. В сочетании с русским корнем это даёт гибридную модель: тюркский формант прикрепили к славянской основе, что типично для южнорусских и поволжских регионов, где славяне веками жили рядом с тюркскими народами.

Фамилия образована по стандартной русской схеме: к основе «Сиванай» добавили суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей сын?» — Сиванаев). То есть исходно это отчество: Сиванаев сын. Географически фамилия тяготеет к Поволжью, особенно к Самарской, Саратовской и Ульяновской областям. Встречается она и в Башкортостане, что подтверждает версию о смешанных корнях. Встретить Сиванаевых в северных регионах России почти невозможно — фамилия явно южная или восточная.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «сиванай» могло быть искажением от «сиваня» — так в диалектах называли нелюдимого, хмурого или, наоборот, слишком спокойного, «серого» человека. Но эта гипотеза слабая, так как слово «сиваня» почти не фиксируется в письменных источниках, а прозвища с тюркским суффиксом для славян — явление более типичное.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская. Дворян с такой фамилией в истории России не отмечено. Предки носителя фамилии — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне из районов, где русские села соседствовали с мордовскими, татарскими или башкирскими поселениями. Прозвище Сиванай могло закрепиться за конкретным человеком, который отличался внешностью (седина, светлые волосы) или характером, а затем перешло к его потомкам как родовое имя.