Фамилия Скипенко — украинская по модели образования, её выдают два характерных признака: суффикс -енко и основа, которая не встречается в русских фамилиях в таком виде. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «чей-то сын» или «потомок», то есть Скипенко — это буквально «сын Скипы». История фамилии упирается в прозвище Скипа.

Самая вероятная версия: Скипа — это южнорусское или украинское диалектное слово, обозначавшее скипку, то есть щепку, занозу или острую деревянную палочку. Прозвище могли дать человеку худощавому, колючему по характеру или, наоборот, занимавшемуся щепным товаром — изготовлением деревянной посуды, лучины, мелких поделок. В говорах Черниговщины и Полтавщины «скипа» означала и мелкую рыбешку вроде уклейки — тогда прозвище могло относиться к невысокому, вертлявому человеку.

Менее распространённая, но лингвистически возможная гипотеза связывает основу с глаголом «скипати» — в некоторых диалектах это «снимать кору» или «очищать». В таком случае Скипенко — потомок того, кто занимался обдиркой коры для дубления кож или для лыка. Эта версия слабее, потому что глагол редок и не дал устойчивых прозвищ в документах.

В реестрах запорожских казаков и метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия встречается преимущественно на Левобережной Украине — в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Это подтверждает и географию суффикса -енко: он особенно плотно покрывает именно эти земли. В русских переписях Скипенко появляются позже, уже как переселенцы или украинцы, перешедшие на государственную службу.

С точки зрения социального статуса носители фамилии в основном были казаками и крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов Скипенко не зафиксировано, что типично для фамилий на -енко, которые почти всегда указывают на непривилегированное происхождение. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Скипа не было распространённым — оно осталось в рамках узкого диалекта и не превратилось в массовое имя.