Фамилия Скурлатов напрямую связана с нецерковным, мирским именем Скурлат, которое в старину давали человеку наряду с крестильным. Такие имена не были редкостью: они служили оберегом и подчёркивали связь человека с природой. В основе имени, скорее всего, лежит белорусское слово «скурлат» — так называли нетопыря, то есть один из видов летучих мышей. Называя ребёнка Скурлатом, родители верили, что природа примет его как своего, а к нему перейдут качества этого зверька — ловкость и цепкость. Со временем имя превратилось в прозвище, а затем закрепилось за потомками в форме отчества, дав начало фамилии Скурлатов.

Есть и вторая версия, хотя она выглядит менее убедительной. Согласно ей, в основе лежит старинное слово «скура» — шкура, грубая кожа. Тогда прозвище Скурлат могло указывать на род занятий: например, предок был шорником или занимался выделкой кож. Однако эта гипотеза проигрывает первой: слово «скурлат» с конкретным значением «нетопырь» встречается в источниках, а связь «скуры» с прозвищем требует дополнительных допущений.

В пользу первой версии говорит и родственное имя, которое упоминает историк С. Веселовский: Скурло Иван, крестьянин, 1495 год, Новгород. Эта запись подтверждает, что подобные имена реально бытовали на русском Севере в конце XV века. Форма Скурло — более короткий вариант той же основы, от которой позже образовали и Скурлата.

Сам суффикс -ат- в имени Скурлат характерен для древнерусских имён-оберегов и прозвищ, он придаёт основе уменьшительно-ласкательный или, наоборот, фамильярный оттенок. А фамильный суффикс -ов указывает на прямое отчество: Скурлатов буквально означает «сын Скурлата». Такой тип фамилий был одним из самых распространённых на Руси, но именно эта фамилия сохранила редкую, почти забытую основу, которая сегодня связывает носителей с миром народных верований и старых новгородских земель.