Фамилия Скурлатов происходит от нецерковного имени Скурлат (вариант — Скурло). Такие имена на Руси давали до повсеместного введения христианских календарных имен, и они часто отражали связь человека с природой. Наиболее правдоподобное объяснение возводит основу к белорусскому слову «скурлат» — нетопырь, то есть род летучих мышей. Называя ребёнка Скурлатом, родители верили, что природа примет его как своего, а к нему перейдут качества этого зверька — ловкость и чуткость.

Менее убедительная версия связывает прозвище со старинным словом «скура» — шкура или грубая кожа. Сторонники этой гипотезы предполагают, что предок рода занимался выделкой кож или был шорником. Однако эта версия выглядит слабее: слово «скура» в русских говорах встречалось реже, чем «шкура», и не оставило заметного следа в ономастике. Поэтому версия с нетопырем остаётся основной.

Исторические источники подтверждают существование родственного имени: С. Веселовский упоминает Скурло Ивана, крестьянина из Новгорода, в записи 1495 года. Это говорит о том, что имя бытовало в северных русских землях уже в XV веке.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: Скурлатов буквально означает «сын Скурлата». Такую модель образования фамилий использовали повсеместно, и она закрепилась за потомками человека с этим именем. Точное место и время возникновения фамилии определить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, но новгородская запись даёт важную зацепку для поиска корней рода.