Фамилия Слепенков отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного прозвища Слепень через притяжательное прилагательное. Прямое значение прозвища — человек с плохим зрением или вовсе незрячий. Такие имена-характеристики на Руси давали без злого умысла, скорее как опознавательный знак: Слепой, Кривой, Шепель. Потомки отвечали на вопрос о родстве: «Слепенковы» — то есть дети и внуки Слепня.

Слово «слепень» в древнерусском языке имело и второе значение — кровососущее насекомое, овод. Отсюда родилась версия, что прозвище могло прилипнуть к назойливому, надоедливому человеку, который «липнет, как слепень». Эта гипотеза правдоподобна, но слабее первой: прозвища от физических недостатков встречаются в документах чаще, чем зооморфные сравнения. Впрочем, полностью исключать её нельзя — оба слова звучали одинаково.

Исторические записи подтверждают древность корня. В новгородских писцовых книгах за 1572 год упомянут крестьянин Слепень Иван. Ещё раньше, в 1470–1478 годах, в походе на Двину участвовал воевода Борис Матвеевич Слепец Тютчев — здесь мы видим ту же основу в форме «Слепец». В 1590 году в Мещере служил Важен Дмитриевич Слепцов, а в 1578-м в Москве — Иван Борисович Слепцов. Родственные фамилии Слепцов, Слепушкин (Иван Степанович Слепушкин, 1640 год, Верея) показывают, что прозвище было распространено в разных землях.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -ко, который некоторые исследователи считают указанием на украинские или белорусские корни. В русском языке фамилии с таким суффиксом встречаются реже, но в юго-западных говорах форма «Слепенко» могла бытовать как самостоятельное прозвище. Однако в случае со Слепенковым мы имеем дело с русской патронимической моделью: суффикс -ов присоединился к основе, которая уже содержала уменьшительное -ен-. Так что версия о западнорусском влиянии остаётся лишь гипотезой, хотя и не лишённой оснований.

Скорее всего, фамилия Слепенков возникла в северных или центральных русских землях, где прозвища от внешних особенностей фиксировались в документах уже в XV–XVI веках. Потомок человека по прозвищу Слепень со временем получал фамилию, которая закреплялась за его родом. Современные носители фамилии могут считать своим предком человека, которого окружающие отличали по зрению или по характеру — назойливому, как слепень в летний день.