Фамилия Смолкотин — редкий пример, где суффикс подсказывает больше, чем корень. В ней отчётливо видна модель «Смолкота → Смолкотин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смолкотин буквально значит «сын Смолкоты» или «человек из семьи Смолкоты». Такое окончание типично для фамилий, образованных от имён или прозвищ на -а, -я (ср. Пушкин, Ильин). Само же прозвище Смолкота — производное от «смола» с уменьшительным суффиксом -от(а), который в русских говорах придавал слову оттенок пренебрежения или шутки (как «голота», «робота» — от «робкий»).

Главный вопрос — что означало прозвище «Смолкота». Первая и самая прямая версия: человека так прозвали по роду занятий. Смолокурение — старинный русский промысел: добыча смолы и дёгтя из берёсты и сосны. Смолокур, или смоляр, — ремесленник, чья работа была грязной, пахучей, но жизненно необходимой. Смолой пропитывали канаты, колёса, лодки, из дёгтя делали мази и мыло. Прозвище Смолкота могло закрепиться за таким мастером, а в насмешливом варианте — за тем, кто вечно вымазан в смоле.

Вторая, менее вероятная версия выводит основу из диалектного значения. В некоторых говорах «смолкой» называли плаксивого, назойливого человека (от «смолить» — докучать). Смолкота мог быть ворчуном или нытиком. Однако правдоподобнее первая версия: ремёсла давали прозвища гораздо чаще, чем черты характера, а суффикс -от(а) в профессиональных прозвищах встречается (ср. Толстота — от «толстый», но это исключение).

Фамилия явно недворянская, крестьянская или посадская. В документах XVII–XVIII веков Смолкотины могли записываться как Смолкотовы или Смолкины — путаница с суффиксами в ту пору обычна. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где был развит смолокуренный промысел: Архангельская, Вологодская, Костромская губернии. Встречается и на Урале, куда промысел принесли переселенцы.

Редкость фамилии объясняется не столько угасанием ремесла, сколько тем, что прозвище Смолкота не перешло в массовое имянаречение. В современной России Смолкотины — единичные носители, сосредоточенные в основном в Пермском крае и Кировской области. Таким образом, предок нынешних Смолкотиных почти наверняка был смолокуром — человеком, который гнал смолу в лесу, в курной печи, и чьё ремесло дало фамилии и корень, и ту самую бытовую, непарадную окраску.