Фамилия Смолкотина — редкий случай в русской ономастике, где на первый план выходит не географическое название и не крестильное имя, а суффикс, который сразу указывает на происхождение. Это «матроним»: фамилия образована от женского имени или прозвища Смолкота. Суффикс «-ин» (в женском варианте «-ина») присоединялся к основам на «-а», «-я» и означал принадлежность: «чей?» — «Смолкотин», то есть сын или потомок Смолкоты.

Само прозвище Смолкота, скорее всего, связано со словом «смола». В русских говорах «смолкота» или «смолота» могли называть человека, который занимался смолокурением — добывал смолу из сосны, вываривал дёготь. Это было распространённое, но не самое престижное ремесло в лесных районах Севера, Урала и Сибири. Прозвище могли дать и за липкость в общении, назойливость — «пристал, как смола», или за смуглый цвет лица. Но первая версия, ремесленная, правдоподобнее: фамилии на «-ота» часто образовывались от названий занятий (Зевота, Ломота, Сопота).

Интересно, что окончание «-ина» в фамилии Смолкотина не даёт однозначного ответа, женская она или мужская. В современном русском языке мужской вариант — Смолкотин, женский — Смолкотина. Но в исторических документах XVII–XVIII веков форма «Смолкотина» могла быть общей для мужчины (как «Морозова» или «Головина»). Такое встречалось в северных и центральных областях, где фамилии ещё не устоялись.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь со смолокуренным промыслом в лесных зонах. Однокоренные фамилии — Смолкин, Смоляков, Смолокуров — более часты, но Смолкотина стоит особняком из-за нестандартной словообразовательной модели. В отличие от «Смолякова» (прямое указание на профессию через суффикс «-як»), «Смолкотина» сохранила в основе уменьшительно-уничижительный оттенок, который мог означать «маленький смолокур» или «сын смолокура».

Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет. Но судя по модели (матроним + ремесленное прозвище), носители Смолкотиной — потомки людей из податных сословий, скорее всего, государственных или монастырских крестьян, занятых лесными промыслами.