Фамилия Смолкина образована от личного имени или прозвища Смолка, и у этого корня есть как минимум два разных источника, которые стоит различать.

Первая версия — растительная. Смолкой в народе называли луговое растение с клейкими, будто облитыми смолой, листочками. Такое мирское имя давали младенцу, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего и передала ему полезные свойства растения. Смолку действительно использовали в народной медицине: ею лечили заболевания верхних дыхательных путей и применяли как антисептик. В этой логике имя Смолка — типичный пример дохристианского имени-оберега, когда ребёнка называли в честь окружающей природы, чтобы «привязать» его к ней.

Вторая версия — профессиональная и бытовая. Смолой на Руси называли не только растительную смолу, но и продукт её перегонки — дёготь, а также курительные смеси. Отсюда прозвище Смолка могли дать человеку, который занимался добычей смолы, варкой дёгтя или смолокурением. Такое ремесло было распространено в лесных районах, где крестьяне гнали смолу для пропитки кораблей, канатов и обуви. Менее вероятно, но тоже возможно, что прозвище закрепилось за заядлым курильщиком или продавцом табачных изделий: смолкой называли смесь пахучих смол с душистыми снадобьями для курения.

Какая версия правдоподобнее? Для фамилии Смолкина обе имеют право на существование, но профессиональная выглядит убедительнее. Прозвища по роду занятий встречались чаще, чем имена по названиям растений, и они легче закреплялись за взрослым человеком, а не за ребёнком. К тому же фамилия распространена в тех областях, где смолокурение было традиционным промыслом. Растительная версия не отпадает, но она скорее вторична.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смолкина буквально означает «дочь или жена Смолки». В русской традиции фамилии с этим суффиксом образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, что как раз соответствует форме Смолка.

Интересно, что фамилия сохранила женскую форму — Смолкина. В старину так писали о женщине, а мужской вариант Смолкин закрепился за главой семьи. Сейчас обе формы существуют параллельно, и это нормально для русских фамилий.