Фамилия Смологонова — вариант женского рода от мужской формы Смологонов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу, которая неочевидна на первый взгляд. Корень здесь не «смол-» в значении «смола» или «смолистый», хотя такое прочтение напрашивается. Скорее всего, в основе лежит диалектное или профессиональное прозвище, связанное с глаголом «смологонить» или словом «смологон». В русских говорах «смологоном» могли называть человека, который занимался выгонкой (гонкой) смолы — то есть смолокура. Смолокурение было распространённым промыслом в лесных регионах, особенно на севере и в Сибири: из сосновой и еловой древесины вываривали дёготь, скипидар и смолу для пропитки корабельных канатов, деревянных деталей и колёс. Прозвище Смологон закреплялось за мастером этого дела, а суффикс -ов/-ев преобразовал его в фамилию по схеме «чей?» — сын Смологона.

Суффикс -ов- в фамилии Смологонов указывает на её образование от полного прозвища с окончанием на твёрдый согласный. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей не ранее XVI–XVII веков. Обратите внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на третий слог — Смолого́нов, что сохраняет ритмику исходного прозвища. Встречается и вариант Смологоннов с удвоенной «н», но это более поздняя графическая ошибка, не меняющая смысла.

Географически фамилия редкая и локальная. Основные очаги — Архангельская, Вологодская и Кировская области, а также Удмуртия. Это совпадает с зонами традиционного смолокурения и лесных промыслов. В современных телефонных справочниках и базах данных Смологоновы встречаются единично, что подтверждает: фамилия не получила широкого распространения и осталась привязанной к небольшому роду. Альтернативная версия — от прозвища Смологон, данного торопливому или суетливому человеку (от диалектного «смологонить» — делать что-то быстро, с шумом, без толку), но она менее убедительна: прозвища по ремеслу в русской ономастике образуют фамилии гораздо чаще, чем бытовые характеристики с таким редким глаголом.