Фамилия Смыкунов — хороший пример того, как прозвище, данное за характер или поведение, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит глагол «смыкать» (смыкать рот, смыкать глаза), но в контексте прозвища, скорее всего, имелось в виду нечто иное. Самая вероятная версия — происхождение от слова «смыка» или «смык», которым в русских говорах называли человека неразговорчивого, молчаливого, того, кто «смыкает уста». Такое прозвище могли дать скрытному или упрямому человеку, который не любил лишних слов.

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает фамилию с музыкальным инструментом — смычком. В старину смычок называли «смык», а музыканта, играющего на смычковом инструменте, — «смыкуном». Однако эта гипотеза слабее: профессиональные прозвища обычно образовывались напрямую от названия ремесла («скрипач», «гудошник»), а «смыкун» для этого звучит слишком отвлечённо. Кроме того, в некоторых диалектах «смыкать» означало «соединять, сцеплять» — тогда прозвище могло относиться к плотнику или бондарю, но это совсем редкий вариант.

Модель образования проста: суффикс -ун- указывал на лицо по действию (как «бегун», «крикун»), а затем к основе «Смыкун» добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Смыкуна» или «из семьи Смыкуновых». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её «говорящим» прозвищным корнем. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, но массового распространения не получила — носителей немного, и фамилия остаётся относительно редкой, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска.