Фамилия Смыкунова — женская форма от Смыкунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Смыкун. Основа здесь — глагол «смыкать» (соединять, закрывать, сводить вместе). В русских говорах слово «смыкун» могло означать человека, который что-то смыкает: плотно закрывает ставни, смыкает ряды в работе или, в переносном смысле, сводит концы с концами в хозяйстве. Скорее всего, предок носителя фамилии получил такое прозвище за привычку или профессиональную особенность — например, был плотником, столяром или тем, кто следил за исправностью запоров и ворот.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Смыкуна с диалектным словом «смык» — в некоторых областях так называли смычок для игры на музыкальном инструменте или часть упряжи. Тогда Смыкун — музыкант-скрипач или шорник, делавший сбрую. Однако эта гипотеза слабее, так как суффикс «-ун» в русских прозвищах чаще указывает на деятеля по действию («бегун», «говорун»), чем на мастера по изготовлению предмета.

С точки зрения словообразования, фамилия типична для центральной России: суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?» — сын Смыкуна). Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без явного гнезда в одном регионе, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Смыкуновы не принадлежали к дворянству или купечеству: модель на «-ов» и прозвищная основа характерны для крестьянского и мещанского сословий.

В ономастических словарях фамилия не описана, что неудивительно: она не попала в число массовых. Её ценность — в сохранении живого глагольного корня, который вне фамилий почти исчез из бытовой речи. Если сравнивать с однокоренными, то Смыкунов стоит рядом с Смыковым (от «смыкать») и Смышляевым (от «смышлять» — соображать), но отличается от них именно суффиксом действия.