Фамилия Софрыин — редкий случай, когда написание прямо указывает на путь, которым шло её образование. В ней отчётливо видна модель «основа на -ий + суффикс -ын», а не привычный -ин. В русской ономастике суффикс -ын закреплялся за основами, оканчивающимися на -а/-я, но здесь мы видим исключение: корень «Софр-» восходит к тому же источнику, что и имя Софрон (от греческого σώφρων — «благоразумный, здравомыслящий»). Фамилия Софрыин, скорее всего, родилась из патронима — отчества по отцу, которого звали Софрий или Софрей. Именно такая форма имени (с окончанием -ий) и дала при присоединении суффикса -ын нестандартное написание: Софрий + ын = Софрыин. Если бы отца звали просто Софрон, фамилия звучала бы как Софронов.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа могла быть прозвищной. В некоторых говорах «софра» или «софрый» — искажённое «сафра», то есть охра, жёлтая краска. Тогда Софрыин — потомок человека, который либо работал с красками, либо имел характерный жёлтый оттенок волос или кожи. Однако это лишь гипотеза: письменных подтверждений такого прозвища в исторических источниках нет.

Географически фамилия Софрыин тяготеет к центральным и северным областям России, где -ын вместо -ин встречается чаще — в костромских, вологодских, архангельских говорах. Там же бытуют однокоренные фамилии: Софронов, Софрин, Софрыгин. Софрыин — самая редкая из них, её носители, скорее всего, происходят из одного локального рода, где форма отчества закрепилась в документах именно так. Перепись XVIII–XIX веков могла зафиксировать вариант с двойным «ы» из-за местного произношения: «Софрыин» вместо книжного «Софрин».

Таким образом, фамилия Софрыин — не ошибка писаря, а живой след диалектной морфологии. Её обладатель почти наверняка потомок человека по имени Софрий (или Софрей), а сама фамилия — редкий пример того, как региональные особенности словообразования сохранились в официальном написании.