Фамилия Сороковнина — женская форма от Сороковнин, а тот, в свою очередь, образован от прозвища или нецерковного имени Сороковня. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Сороковнин буквально значит «сын (или потомок) Сороковни». Основа здесь необычна: слово «сороковня» в русских говорах могло означать либо меру чего-то (сорок штук), либо человека, связанного с числом сорок.

Самая прямая версия — профессиональное прозвище. Сороковней в старину называли бочку или кадку ёмкостью в сорок вёдер, а также меру для сыпучих тел. Человек, который делал такие бочки или торговал ими, мог получить прозвище Сороковня. Второй вариант — прозвище по числу: «сороковником» на Руси называли сорокалетнего мужчину, а «сороковня» — женщину того же возраста, но в основе мужской фамилии лежит скорее мужское прозвище. Третья, менее вероятная версия — от названия птицы сороки, но суффикс -овн- в этом случае нехарактерен: скорее бы получилась Соро́кин, а не Сороко́внин.

Ударение в фамилии традиционно падает на второй слог: Сороко́внин. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в бывших новгородских землях и Вологодчине — там промысел бондарей (изготовление бочек) был особенно развит. В ревизских сказках XIX века можно найти крестьян и мещан с этой фамилией в Ярославской и Костромской губерниях.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сорокин, Сороков, Сороковкин — показывает, что Сороковнин стоит особняком. Сорокин массово образован от птицы, Сороков — от отчества к имени Сорок (человек, родившийся в сороковой день или год), а вот Сороковнин — редкий случай, когда суффикс -овн- указывает на конкретное орудие труда или предмет. Это делает фамилию ценной для историков ремёсел: по ней можно реконструировать забытое слово «сороковня» как название бондарного изделия.