Фамилия Спанатий — редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос происхождения корня. В русском языке нет слова «спанатий», и на слух фамилия звучит нерусской, хотя оформлена по модели притяжательных прилагательных на -ий (как Божий, княжий). Такая модель в русских фамилиях встречается, но редко, и чаще указывает на прозвище или имя в краткой форме. Однако здесь основа, скорее всего, не славянская.

Самый вероятный источник — греческий или южнославянский. В греческом есть слово «σπανάτι» (spanáti) — шпинат, а также прозвище «Spanos» (безбородый, бритый). В новогреческой ономастике фамилии на -άτης (-atis) — обычное дело, они указывают на занятие или характерный признак. Спанатий могло быть прозвищем человека, связанного с торговлей или выращиванием шпината, либо, что более вероятно, безбородого мужчины. Вторая версия — от румынского «span» (лысый, плешивый) с тем же суффиксом. В Молдавии и на Буковине такие фамилии встречаются, и русский суффикс -ий мог прикрепиться к основе уже на русской почве при оформлении фамилии.

Суффикс -ий в этой фамилии — не типичное окончание, а часть модели, аналогичной фамилиям типа «Толстой» или «Скорый», но с иноязычной основой. Фамилия могла закрепиться за выходцем из греческих колоний Причерноморья или за балканским переселенцем, который получил прозвище Спанатий, а затем оно стало фамилией. Второй вариант — искусственное происхождение в духовной среде: семинаристы часто переделывали мирские фамилии на греческий лад, и Спанатий могло возникнуть как книжный вариант от греческого «spana» (редкость, редкость) — намек на редкость таланта или ума. Но это предположение слабее, так как прямых свидетельств нет.

География фамилии неширокая. По данным открытых источников, Спанатий встречается в основном на юге России и Украины, в частности в Одесской области и Краснодарском крае — регионах, где исторически селились греки и молдаване. Это подтверждает версию о греческом или румынском корне. В центральных и северных областях России фамилия практически не фиксируется.

Поскольку фамилия редкая, её носители не были массово представлены в каком-то одном сословии. Скорее всего, предки Спанатий — крестьяне или мещане из числа греческих переселенцев конца XVIII–XIX века, ассимилировавшихся в славянской среде. Никаких дворянских родов с такой фамилией в исторических справочниках нет.

Спорных версий немного: помимо греческой и румынской, иногда пытаются вывести фамилию от итальянского «spagnolo» (испанский) через искажение, но это маловероятно — фонетически цепочка «spagnolo — Спанатий» не выдерживает критики. Более правдоподобно, что Спанатий — это фамилия-прозвище, закрепившая за предком признак внешности или род занятий, а суффикс -ий лишь подвел её под русскую грамматическую норму.