Фамилия Спирькин образована от имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — «Спирькин сын». Основа здесь — разговорная форма канонического имени Спиридон. В быту имя Спиридон (от греческого «корзина» или «дар души») часто сокращали до Спиря, а от него уже пошли уменьшительные варианты: Спирька, Спиряка, Спиро. Спирькин — это буквально «потомок Спирьки».

Словообразовательная модель с суффиксом -ин типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей Северной и Центральной России. Если бы фамилия образовалась в южных или западных регионах, скорее всего, появился бы суффикс -енко или -ук. Таким образом, Спирькин — фамилия с «северным» оттенком, указывающая на происхождение из областей, где было распространено «оканье» и традиция усекать полные имена до просторечных форм.

В ономастике известен и другой вариант — Спиридонов, от полной формы имени. Спирькин же стоит в ряду фамилий, которые в XIX веке могли записать в метрические книги как «простонародные»: Спирька, а не Спиридон, — и это не ошибка, а живая речевая практика. Носитель фамилии Спирькин, скорее всего, потомок крестьянина или ремесленника, которого в быту звали Спирькой, а не Спиридоном Ивановичем.

Встречается фамилия редко, но не единично: её можно найти в переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. Известный носитель — советский философ и академик Алексей Спирькин, но это скорее исключение, чем правило: основная масса Спирькиных оставалась в деревнях до середины XX века.