Фамилия Станенко образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок», то есть Станенко — буквально «сын Стана». В основе лежит личное имя или прозвище Стан, которое могло иметь несколько источников.

Самое прямое объяснение — от слова «стан» в значении «осанистая фигура, дородный человек» или «становище, место стоянки». Прозвище Стан могли дать крепкому, видному мужчине либо человеку, жившему при дороге или содержавшему постоялый двор. В говорах встречалось и слово «стан» в значении «туловище» — отсюда прозвище для статного, высокого человека.

Вторая версия отсылает к каноническому имени Станислав, которое в быту сокращали до Стан. Хотя полная форма Станислав распространена у поляков и западных славян, на украинских землях усечённые варианты (Стась, Стан) давали фамилии вроде Стасенко и Станенко. В этом случае фамилия означает «потомок Станислава».

Третий, менее частый вариант — происхождение от топонима. На Украине есть несколько сёл с названием Становое, Станки, а также урочища Стан. Переселенец из такого места мог получить прозвище Стан, а его дети — фамилию Станенко.

Фамилия распространена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской губерниях, откуда в XIX веке носители переселялись на Кубань и в Причерноморье. Встречается и в России, но реже — чаще всего в форме Станенков, с русским суффиксом -ов.

Словообразовательная модель простая: суффикс -енко прикреплён к основе Стан-. Ударение обычно падает на второй слог: Стане́нко, хотя в разговорной речи можно услышать и Ста́ненко. В документах фамилия не меняет форму при склонении, как и большинство фамилий на -ко.