Фамилия Станюков отчётливо делится на корень Стан- и суффикс -юков. Суффикс -юк (с последующим патронимическим -ов) характерен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики: он указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё прозвище или имя лежит в основе. В русской среде фамилии на -юков нередко возникали при миграции с запада на восток или при адаптации украинских фамилий под русские патронимические окончания.

Основа Стан- может восходить к нескольким источникам. Самый прямой — прозвище Станюк, производное от «стан» в значении «фигура, осанка» или «становой стан» (место стоянки, лагерь, а также административная единица в дореволюционной России). Человек мог получить прозвище Станюк за крепкое телосложение, осанистость или, напротив, за принадлежность к стану — группе, общине. Менее вероятна, но возможна связь с уменьшительной формой имени Станислав: Станюк как «маленький Станислав». В украинской традиции имена на -юк образуют патронимы, и Станюк могло быть «сыном Станислава».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Станов, Станкин, Станкевич, Станков — показывает, что Станюков стоит особняком. У фамилии нет широкой географии: она встречается преимущественно в южных и центральных областях России, а также в среде переселенцев из Малороссии. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из украинских или южнорусских губерний, где суффикс -юк был распространён.

Версия о происхождении от слова «стан» как «ткацкий стан» или «станок» маловероятна: в этом случае фамилия звучала бы как Станков или Станочников. Прозвище Станюк, скорее, относилось к внешности или социальному положению, а не к ремеслу.

Таким образом, фамилия Станюков — это типичный пример патронимической фамилии, образованной от прозвища или уменьшительного имени с помощью украинского суффикса -юк и русского окончания -ов. Её носители в большинстве своём — потомки людей, которых в быту звали Станюками, и эта фамилия сохранила следы южнорусской языковой среды.