Фамилия Стебельков происходит от прозвища Стебелек. В основе, скорее всего, лежит внешность: так могли назвать высокого и худощавого человека — тонкого и длинного, как стебель растения. Такая модель прозвищ по внешнему виду была распространена на Руси, и слово «стебель» в переносном смысле как нельзя лучше подходило для меткой характеристики.

Однако есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. Прозвище Стебелек мог получить выходец из деревни или села с похожим названием — Стеблино, Стебельское, Стебелевское. Подобные топонимы встречаются по всей России, поэтому установить точную географию предка Стебельковых сегодня уже невозможно. Эта версия имеет право на существование, но она менее вероятна: прозвища от названия деревни чаще образовывали фамилии на -ский (Стебельский), тогда как суффикс -ов указывает на патронимическую модель, то есть на имя или прозвище отца.

Сама фамилия образована по классической русской модели: к основе Стебелек добавился суффикс -ов, означающий принадлежность. То есть Стебельков — это сын, внук или потомок человека по прозвищу Стебелек. Со временем прозвище закрепилось как основное именование, а затем легло в основу фамилии, которая передавалась уже из поколения в поколение.