Фамилия Степоненас звучит необычно для русского уха, и это подсказка: перед нами не исконно русская фамилия, а литовская. Её выдают суффикс и окончание. Если отбросить типично литовское окончание -ас, остаётся основа Степонен-. Это вариант имени Степан (литовский аналог — Stepas, Steponas), а суффикс -ен- здесь выполняет ту же роль, что в русских фамилиях на -енко или -ёнок, то есть указывает на родство: «сын Степана» или «потомок Степана». То есть Степоненас — это литовский аналог русской фамилии Степанов.

Литовские фамилии с окончанием -ас (реже -ис, -ус) относятся к древнейшему пласту. Они закрепились в письменных источниках в основном в XVI–XVII веках, когда в Великом княжестве Литовском шёл процесс фиксации фамилий у крестьян и шляхты. В отличие от польских фамилий на -ский или русских на -ов, литовская модель на -ас сохранила архаичную форму родительного падежа, буквально означающую «чей?» — «Степанов».

Географически фамилия Степоненас почти наверняка указывает на происхождение из этнической Литвы или из исторических земель Литовского княжества (современные Литва, запад Беларуси, часть Польши). В России эта фамилия редка и встречается в основном у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, либо у людей, чьи предки жили в приграничных районах (Калининградская область, Псковщина).

Интересная деталь: в литовском языке есть и форма Степанавичюс (Stepanavičius) — она образована через суффикс -avičius и соответствует русскому Степанович. Степоненас же стоит ближе к простонародной, «деревенской» модели, без дополнительного патронимического суффикса. Встречаются варианты написания с двумя «п» (Степпоненас) или с окончанием -ис (Степоненис), но основная форма — именно Степоненас.