Фамилия Стопкин образована от прозвища Стопка. В русских говорах у слова «стопка» было два основных значения: небольшая посуда для крепких напитков (рюмка) и связка или пачка однородных предметов, сложенных друг на друга. Прозвище Стопка могли дать по разным причинам: либо человеку, любившему выпить, либо тому, кто занимался укладкой чего-либо — например, стопок бумаг, дров или сена. Второе значение особенно вероятно для мастеровых или крестьян, работа которых требовала аккуратности и складывания вещей.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду — «чей?» — Стопкин, то есть сын или потомок Стопки. Такая модель чаще встречается у фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён, и говорит о бытовом, нецерковном происхождении основы.

Фамилия Стопкин не относится к самым распространённым, но встречается в разных регионах, особенно в бывших новгородских и вятских землях, где прозвища на бытовую тему были особенно популярны. У неё есть и однокоренные «собратья»: Стопкин, Стопочкин, Стопников — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что указывает на разные диалектные варианты прозвища или на разную социальную среду (например, Стопников могло возникнуть в среде приказных людей, где слово «стопка» означало пачку бумаг).

Версия о происхождении от уменьшительной формы имени Степан (Стёпка) маловероятна: для этого фамилия звучала бы как Стёпкин или Степанкин. Сочетание «Стопкин» указывает именно на прозвищную основу, а не на имя.

Таким образом, носители фамилии Стопкин, скорее всего, происходят от человека, которого в округе знали по какой-то бытовой особенности или занятию, связанному со словом «стопка», — будь то привычка пить из стопки или умение ровно укладывать вещи.