Фамилия Страфилов — один из тех случаев, когда основа прозрачна, но происхождение оказывается неожиданным. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая фамилия с суффиксом -ов, образованная от личного имени или прозвища. Но имя Страфил — не исконно славянское, а церковное, греческое. В святцах оно встречается в форме Стратоник, Стратоника, но в народной речи имя Стратилат (от греческого «военачальник») давало много упрощённых вариантов. Страфил — один из них, сокращённая и русифицированная форма, которая могла бытовать в крестьянской среде, где длинные календарные имена «перекраивали» на свой лад.

Однако есть и вторая, более редкая версия. В южнорусских и украинских говорах слово «страфила» или «страфил» могло означать нечто вроде «странного, чудаковатого человека», от диалектного «страфить» — чудить, делать нелепости. В этом случае фамилия образована не от имени, а от прозвища по характеру. Такая модель — прозвище + -ов — типична для фамилий, возникших в среде однодворцев и казачества. Спор между двумя версиями решается в пользу первой, именинной: Страфил как каноническое имя зафиксирован в метрических книгах XIX века, а прозвище Страфил — скорее случайное совпадение.

Географически фамилия Страфилов тяготеет к югу России — Воронежская, Ростовская области, Краснодарский край. Это неудивительно: именно в этих регионах, где было сильно влияние греческой церковной традиции и одновременно бытовали диалектные формы имён, подобные фамилии встречаются чаще. В центральных и северных губерниях она редка.

Словообразовательно фамилия ничем не примечательна — суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Страфилов — сын Страфила. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Стра́филов, хотя в разговорной речи нередко смещается на последний: Страфило́в — по аналогии с фамилиями на -илов. Оба варианта допустимы, но первый исторически точнее, так как образован от имени с ударением на первый слог.