Фамилия Ступненков образована от прозвища или имени Ступня, Ступень. В русском языке слово «ступня» — это нижняя часть ноги, но в основе фамилии лежит не анатомический термин, а скорее прозвище, данное человеку с характерной походкой, крупной или неуклюжей стопой. В некоторых говорах «ступня» означала и деревянный башмак, колодку, что отсылает не к внешности, а к ремеслу: предок Ступненкова мог быть сапожником или башмачником, изготавливающим грубую обувь.

Модель образования — суффикс -енк-ов. Это редкая комбинация: суффикс -енк- обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (уменьшительно-уничижительное значение), а затем к основе добавили типично русский патронимический суффикс -ов. Получается, что Ступненков — это «сын Ступеньки» (уменьшительное от Ступня), причём сам Ступенька мог быть жителем южных или западных земель, которые позже переселились в великорусские области. В старых документах встречается фамилия Ступников (от «ступник» — тот, кто ходит пешком, или работник на ступке), но Ступненков — вариант именно с уменьшительным суффиксом, что делает её более «личной», указывающей на конкретного человека по прозвищу.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, с единичными носителями в бывших губерниях Курской, Орловской, Тамбовской. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -енков рассматривается как типичная для фамилий, возникших из уменьшительных форм имён или прозвищ на территории современной Украины, но адаптированных русским окончанием. Прямых аналогов в известных ономастических словарях (Никонов, Веселовский) нет, что говорит о локальном бытовании — фамилия могла возникнуть в одной деревне или семье, а не распространиться широко.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа «ступ-» могла быть связана со словом «ступа» — ступка для толчения, и тогда Ступненков — потомок человека, делавшего ступки или работавшего с ними. Но звуковой переход «ступа» → «ступня» нехарактерен, и прозвище Ступня встречается в русских писцовых книгах XVI–XVII веков как самостоятельное имя, что делает первую версию основной.